Sekolah Nanyang Zhi Hui memulai kegiatan belajar mengajar pada tahun ajaran 2003/2004 dengan 27 siswa di tingkat Sekolah Dasar (SD) kelas 1 dan 2, yang berlokasi di Jl. Abdullah Lubis No. 10 A, Medan.
Kesejahteraan dan kemakmuran suatu bangsa tidak hanya bergantung pada kekayaan alam maupun kekuatan militernya, tetapi juga pada karakter mulia para pemimpin dan generasi penerusnya.
Membangun masa depan bangsa yang maju berarti membangun dunia pendidikan. Pemikiran inilah yang menjadi dasar berdirinya Sekolah Nanyang Zhi Hui di Medan.
Sekolah Nanyang Zhi Hui memulai kegiatan belajar mengajar pada tahun ajaran 2003/2004 dengan 27 siswa di tingkat Sekolah Dasar (SD) kelas 1 dan 2, yang berlokasi di Jl. Abdullah Lubis No. 10 A, Medan.
Seiring perkembangan sekolah dan meningkatnya jumlah siswa, pada tahun 2006 Sekolah Nanyang Zhi Hui pindah ke gedung permanen empat lantai yang berlokasi di Jl. Abdullah Lubis No. 15 (berseberangan dengan gedung sekolah lama). Pada tahun ajaran 2006/2007, Sekolah Nanyang Zhi Hui juga membuka jenjang TK (Taman Kanak-kanak).
Pada tahun ajaran 2008/2009, jenjang SMP (Sekolah Menengah Pertama) mulai beroperasi.
Selanjutnya, jenjang Kelompok Bermain mulai dibuka pada tahun ajaran 2011/2012.
Pada tahun ajaran 2013/2014, jenjang SMA (Sekolah Menengah Atas) mulai didirikan.


Saat ini, Badan Akreditasi Nasional Provinsi Sumatera Utara telah memberikan akreditasi “A” untuk jenjang TK, SD, SMP, dan SMA.
Pendirian Sekolah Nanyang Zhi Hui berfokus pada Pendidikan Nilai-Nilai Kemanusiaan yang mencakup Kebenaran (Truth), Perilaku Benar (Right Conduct), Kedamaian (Peace), Kasih Sayang (Love), dan Tanpa Kekerasan (Non-Violence), serta pengembangan diri dalam bentuk keterampilan hidup, keterampilan sosial, dan pembentukan karakter yang diterapkan melalui etika, budaya, dan olahraga.
Kurikulum yang diterapkan merupakan kurikulum nasional yang diperkaya dengan perspektif kurikulum internasional. Sistem pendidikan sekolah merupakan perpaduan harmonis antara filosofi pendidikan Timur dan teknologi ilmiah Barat.
Secara khusus, dalam pembentukan karakter yang bertujuan meningkatkan konsentrasi belajar sekaligus menyeimbangkan perkembangan anak secara holistik, para siswa mengikuti mata pelajaran Human Values, kegiatan silent sitting setiap hari, serta program Day of Mindfulness secara rutin.
Sekolah Nanyang Zhi Hui menekankan bukan pada kuantitas siswa, melainkan pada kualitas pendidikan, di mana disiplin dan peraturan sekolah diterapkan secara konsisten.